曙海教學優勢
該課程面向企事業項目實際需要,教學以實用為導向，秉承21年積累的教學品質，GROMACS 培訓學習學校以項目實現為導向,老師將會與您分享設計的全流程以及工具的綜合使用技巧、經驗。上門/線上/線下皆可,小班面授,互動直播任選.專注技術培訓,匠心服務,實戰教學。上門/線上/線下皆可,GROMACS 培訓學習學校專家,課程可定制,熱線:4008699035。
大批企業和曙海
建立了良好的合作關系,合作企業30萬+。我們課程培養了十幾萬受歡迎的工程師。曙海的課程在業內有著響亮的知名度，同心致遠，博大精深。
?適用于分子模擬、計算化學、生物物理、生物信息等領域的新手和進階用戶。重點覆蓋工具原理、基本操作、分子動力學模擬流程、分析方法和高效實踐等內容，也可靈活根據領域需求調整。
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第一天：GROMACS基礎與標準分子動力學模擬流程
1. 培訓導入與課程目標
GROMACS 簡介與應用領域概覽
與其他分子模擬工具（NAMD、AMBER等）的對比
培訓目標與內容說明
2. GROMACS軟件環境與基本操作
軟件安裝、配置和依賴環境（Linux/Windows/Mac）
常用命令和腳本基本用法
GROMACS文件體系結構與命名規則
3. 分子模型的準備
結構文件（PDB/XYZ）預處理與修正
使用pdb2gmx生成拓撲文件
力場（force field）介紹與選擇（如amber、charmm、gromos等）
受體配體/蛋白/小分子體系準備要點
4. 模擬體系構建與溶劑化
構建模擬盒子（editconf）
溶劑化（solvate）、加離子（genion）
檢查結構合理性與常見錯誤修復
5. 能量最小化與體系平衡
能量最小化操作（em.mdp參數含義）
NVT/NPT 平衡模擬步驟及意義
常見 mdrun 選項與參數設定
日志（log file）、能量、軌跡等輸出文件初步解析
6. 當日實操：從PDB到能量最小化
全流程動手指導：PDB處理→添加力場→溶劑化→加離子→能量最小化
學員問題解決與重點回顧
第二天：進階動力學模擬、數據分析與高效實踐
1. 分子動力學生產運行
配置與運行MD生產模擬（md.mdp參數詳解）
多步長模擬、溫控和壓控常用方案
并行計算與性能優化建議（多核/多GPU）
2. 軌跡分析與結果解讀
軌跡（trajectory）處理與格式轉換（trjconv）
常用分析命令：RMSD（gmx rms）、RMSF、徑向分布函數（gmx rdf）、氫鍵分析（gmx hbond）、二級結構（gmx do_dssp）
能量、溫度、壓力與密度等宏觀參數分析
結果可視化工具（VMD、PyMOL、Grace等）介紹
3. 進階模擬與特殊應用
多組分或大分子體系設置（如蛋白復合物、膜蛋白等）
小分子/配體參數化與工具對接（如ACPYPE、CGenFF）
常見問題及輕松排錯方法
復現性與實驗設計常見注意事項
4. 數據管理與自動化流程
輸入/輸出文件管理規范
批量模擬腳本與分析自動化（bash、python等簡單示例）
典型高通量模擬方案介紹
5. 項目案例演練
分組完整實操：標準蛋白體系建模、動力學模擬及結果分析
小組/全體答疑與技能鞏固
